Construite par le maître d'oeuvre Jacques Rossel dès avant 1526, l'église de ce qui devait être alors un couvent de Célestins semble être en usage en 1530, mais la façade n'est achevée qu'en 1535 et le lieu de culte consacré seulement en 1539.
Le couvent est devenu en 1538 lieu de refuge du Chapitre de Saint-Pierre de Genève. Saint François de Sales y officia comme évêque au xvie siècle.
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