La commanderie de Saint-Antoine a dû être une des premières annexes dépendant de celle de Toulouse. Elle a été installée sur la route reliant Agen à Lectoure. Un hôpital y est fondé ainsi qu'une chapelle. Le pape Pie VI supprime l'ordre des Antonins en 1776 et transfère ses biens aux chevaliers de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem en 1777.
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