Origine et histoire de l'Église Notre-Dame
L'église Notre-Dame, située rue Mégevand dans le quartier de la Boucle à Besançon, fut bâtie comme église abbatiale de l'abbaye bénédictine Saint-Vincent, fondée par l'archevêque Hugues II de Montfaucon au cœur du centre historique. Les premières constructions — une chapelle, un cloître et des dortoirs pour les religieux — sont attestées au XIe siècle, entre 1080 et 1085 ; Hugues III de Bourgogne nomma le premier abbé. Aux XVIIe et XVIIIe siècles, l'abbaye acquit une réputation d'érudition et contribua à l'étude de l'histoire locale, avant que la communauté ne soit dissoute pendant la Révolution française en 1790. Sous l'Empire, l'église prit le statut de paroissiale Notre-Dame et les bâtiments conventuels furent affectés à l'Université.
L'édifice conserve des éléments romans : il ne comportait pas de voûte à l'origine et des murs de style roman subsistent sur les flancs de la nef, où trois chapiteaux du XIe siècle sont encore visibles. Remanié à plusieurs reprises, le bâtiment adopta sa façade actuelle conçue et élevée en 1720 par l'architecte Jean‑Pierre Galezot. À droite de cette façade se trouve un portail de style gothique flamboyant construit en 1525 à la demande de l'abbé Antoine de Montécut, premier abbé commendataire et aumônier de Marguerite d'Autriche ; selon la tradition, sa sculpture serait l'œuvre d'artisans franc-comtois ou d'artisans ayant travaillé en Franche‑Comté après la fermeture du chantier de Brou.
La tour des cloches, édifiée au XVIe siècle, fut pendant un temps la plus haute de la ville ; à proximité, Antoine de Montécut fit également ériger une chapelle dédiée à Notre‑Dame des Douleurs. À gauche de la façade s'ouvre la porte d'accès au cloître et aux bâtiments conventuels, reconstruits au XVIIe siècle et aujourd'hui occupés par des bureaux, des salles de cours et la bibliothèque de l'Université de Besançon. La grande nef fut voûtée en 1720 et une abside ajoutée au fond du chœur la même année. La tour et le portail sont inscrits au titre des monuments historiques depuis le 8 juin 1926.
Parmi les œuvres conservées, l'entrée du chœur est ornée de deux anges adorateurs en bois proches de ceux sculptés à Rome en 1768 par le Bisontin Luc Breton pour Saint‑Maurice, aujourd'hui à la cathédrale Saint‑Jean ; le décor voisin, composé d'une colonnade néoclassique, fut réalisé par Denis‑Philibert Lapret en 1808. Une statue de la Vierge signée Raymond Gayrard date de 1858. Dans la nef, huit grandes peintures de Joseph Aubert, exécutées entre 1892 et 1911, forment une frise réunissant plus d'une centaine de personnages sur fond d'or, œuvre largement inspirée des peintures d'Hippolyte Flandrin à l'église Saint‑Vincent‑de‑Paul à Paris. Les vitraux témoignent du renouveau du XIXe siècle : la plupart des baies du chœur et des bas‑nefs, réalisées par le peintre‑verrier Henri Fleur en 1878‑1879, illustrent des scènes bibliques et hagiographiques, et l'un des vitraux latéraux nord représente la défaite des Huguenots lors de leur tentative de prise de Besançon en 1575. D'autres tableaux notables ornent l'édifice, notamment Notre‑Dame Libératrice de François Laurent Jourdain, datée de 1815 et placée au‑dessus des fonts baptismaux, ainsi que Sainte Philomène conduite au martyre par Édouard Baille.
On peut également y voir la façade de l'édifice, l'accès au cloître, la tour depuis la cour, des statues de saint Ferjeux et de saint Ferréol, la nef, l'ange du maître-autel par Luc Breton, la Vierge de Raymond Gayrard et des toiles de Joseph Aubert.