Origine et histoire de l'Église Notre-Dame-de-la-Nativité
L'église de Pontaubert, située au centre du village de Pontaubert dans l'Yonne, a été construite aux XIIe et XIIIe siècles par les Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem, devenus l'Ordre de Malte. Classée au titre des monuments historiques par la liste de 1862, elle est en grande partie datée de la fin du XIIe et du début du XIIIe siècle. Le plan est simple et sans transept : une nef de quatre travées flanquée de bas-côtés, une travée de chœur un peu plus basse elle aussi avec bas-côtés, et une abside à trois pans. L'élévation, typiquement bourguignonne, est à deux étages : de grandes arcades brisées à double rouleau reposent sur des piliers cruciformes à colonnes engagées et sont surmontées de hautes fenêtres qui inondent la nef de lumière. Les voûtes d'arêtes sont soutenues par de forts doubleaux de profil brisé, présents également dans les bas-côtés. Les doubleaux et arcades à double rouleau se retrouvent dans la première travée portant le clocher et dans la travée correspondant au transept, qui reproduit l'architecture de la nef en étant toutefois un peu plus basse. La présence d'un oculus laisse penser qu'un clocher avait d'abord été prévu en cet endroit avant d'être déplacé en façade, solution d'inspiration gothique. L'abside trapézoïdale, voûtée en arête et percée de trois hautes baies, est caractéristique des ordres militaires. Les chapiteaux de la nef montrent une ornementation discrète : larges feuilles d'eau pour la partie romane et crochets pour la partie plus récente.
À l'extérieur, la haute nef romane se distingue par ses deux niveaux de baies en plein cintre et ses modillons, dont certains sculptés de têtes sur le côté sud. Le petit portail sud, restauré, reste dans l'ensemble roman avec ses colonnes, chapiteaux à crochets et voussures. Le grand clocher, implanté sur la première travée de la nef, possède deux étages supérieurs du XIIIe siècle ornés de grandes arcatures géminées évoquant l'église de Saint-Père, en version moins ouvragée. Du début du même siècle date aussi le grand portail sous le porche, un ensemble soigné de colonnettes, chapiteaux, trumeau et voussures dont le tympan représente, à gauche, une Adoration des Mages autour de la Vierge en majesté et de l'Enfant entourés d'anges, et, à droite, une Assomption de la Vierge. Le porche occidental, datant des années 1500, présente une voûte à liernes ; son toit en bâtière a été supprimé pour mieux éclairer la nef. La terrasse, la balustrade, la gargouille et la tourelle d'escalier menant au clocher sont des ajouts du XIXe siècle. Le beffroi contenait quatre cloches avant la Révolution ; il n'en subsiste aujourd'hui qu'une seule. La charpente porte la marque "I‑F 1748". De la commanderie il reste peu de vestiges : l'ancien logis à gauche de la route face à la mairie et un cellier souterrain sous la place, inaccessible.
Après le classement de 1862, l'église fut restaurée en 1873 par l'abbé Minard, qui commanda un important programme de sculpture à Jean Guillaumet ; l'autel monumental et la grille de communion ont été déposés, mais subsistent la chaire et la balustrade du porche avec sa curieuse gargouille féminine. Aux XVIIIe siècle chaque pilier portait un autel et un jubé en bois pouvait accueillir de la musique ; aujourd'hui sont conservés un Christ en croix et deux statuettes en bois peint (Vierge et saint Jean, de facture rustique du XVIIe siècle) placées sur le mur du chœur. Plusieurs croix de consécration anciennes se remarquent sur les piliers. Le crépi a été refait au XIXe siècle en ocre brun avec faux joints blancs ; certaines parties ont ensuite été dégagées pour laisser apparaître la pierre, selon la mode des années 1960. La cuve baptismale, autrefois à l'entrée, a été rapprochée du chœur par l'abbé Junot après le concile Vatican II. La statuaire déposée constitue le principal trésor : visible sur place, une Vierge assise à l'Enfant du XIIe siècle, provenant de la chapelle templière du Saulce d'Island, est en calcaire et semble l'œuvre de plusieurs mains — l'ensemble est assez rustique tandis que le visage et les cheveux de la Vierge sont d'une facture plus fine, digne de la sculpture de Vézelay. Parmi les autres statues figurent une Sainte Barbe et un Saint Cyr. Un tombeau en calcaire sculpté en bâtière, appuyé au mur nord, porte une inscription latine évoquant Guy et Geoffroy ; il pourrait s'agir de Guy d'Autun, seigneur de Domecy, qui fit un don à la commanderie pour le repos de son âme en 1251. D'autres pierres tombales des XVIIe et XVIIIe siècles subsistent au sol malgré un dallage refait au XIXe siècle. Les vitraux, le plus souvent des grisailles, comprennent au moins une fenêtre qui paraît remonter au XVe siècle ; les verrières du chœur datent de la restauration du XIXe siècle et la verrière centrale porte discrètement les armes d'un donateur.
