En 1102, sainte Alèthe de Montbard (mère de saint Bernard de Clairvaux) fait édifier une chapelle dédiée à saint Ambrosinien face à son château de Fontaine-lès-Dijon (où naît saint Bernard en 1090). Au xive et au xvie siècles l'église actuelle est construite sur l'emplacement de la chapelle avec un clocher octogonal et un carillon de cinq cloches.
Elle est placée sous le vocable de saint Bernard en 1860.
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