L'église actuelle a vraisemblablement été bâtie au xie siècle au sommet d'une colline dominant la rive droite de l'Yonne sur le lieu du martyre de saint Cydroine à la place d'une église abbatiale primitive, citée comme paroisse dès le ixe siècle dans le Sacramentaire à l'usage de l'abbaye de Saint-Amand.
Le prieuré appartenait alors aux moines de l'abbaye de Saint-Rémi de Sens qui le cédèrent au monastère bénédictin de La Charité-sur-Loire qui appartenait à l'Ordre de Cluny.
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