Origine et histoire
L'église Saint-Désiré, située à Lons-le-Saunier (Jura), correspond à l'une des plus anciennes communautés chrétiennes du département et figure parmi les premières églises romanes du Jura. L'édifice conserve des parties d'origine, notamment une crypte de la première moitié du XIe siècle, tandis que l'église elle-même date du XIIe siècle. Selon la tradition, une première église aurait existé au IVe siècle et saint Désiré y serait mort en 414 ; la première mention documentaire remonte toutefois à 1083, quand Thibert, vicomte de Lons, céda ses droits à Bernard, abbé de Baume. Une bulle du pape Eugène III concerne le monastère de Lons, prieuré bénédictin dépendant de Baume. Aucun document des XIIIe, XIVe et XVe siècles ne signale de travaux, mais une fraternité paroissiale s'établit au XVe siècle et revendique la propriété de l'église en 1474. Les prieurs Claude du Pin (1484-1502) puis Jean Sangler firent bâtir les chapelles encadrant le porche, aujourd'hui disparues. Des incendies en 1510 et 1536 causèrent des dégâts importants. En 1595, la ville fut prise et incendiée par les troupes d'Henri IV : la charpente brûla, le chœur fut très endommagé et utilisé comme écurie, et le clocher de la croisée fut détruit. La reconstruction du chœur fut engagée sous le prieur Georges d'Abbans (1592-1599) et achevée sous Antoine de Grivel (1625-1634), qui fit poser les stalles. En 1604 fut entreprise la reconstruction d'un clocher au-dessus du croisillon nord ; les travaux s'arrêtèrent puis reprirent en 1672 pour l'élévation de la flèche. La nef fut voûtée après l'incendie de 1624 et des chapelles latérales datent des XVe et XVIIe siècles. Pendant la Révolution, le clocher fut arasé au niveau du toit en mars 1795 ; en 1809 on démolit la première travée de la nef et les deux chapelles placées de part et d'autre du porche pour faciliter l'accès à la préfecture établie dans les bâtiments du prieuré. En 1844 la sacristie voûtée au sud du chœur fut supprimée pour aménager un petit grenier sous la toiture ; en 1852 le mur occidental fut repris, le sol de la nef abaissé et les chapelles occidentales du bas-côté sud ouvertes, l'une accueillant une tribune pour le préfet. Sous le curé Blanche, en 1878, le clocher fut reconstruit et les murs badigeonnés, badigeon ensuite enlevé ; le clocher est également mentionné comme reconstruit en 1880 et, vers 1900, on ouvrit un portail néo-roman à l'entrée occidentale. À partir de 1931, des travaux de restauration furent entrepris à l'initiative de l'abbé Richon sous la surveillance de l'architecte des Monuments historiques Julien Polti. La crypte, qui abrite dans son abside le sarcophage de saint Désiré, est classée au titre des monuments historiques depuis le 20 juillet 1908 ; le reste de l'église est inscrit depuis le 26 octobre 1927.
