Le fonds principal du musée rassemble les objets mis au jour lors des fouilles archéologiques menées sur le site médiéval du château de Montségur. Ces fouilles ont été effectuées par le Grame (Groupe de Recherches Archéologiques de Montségur et de ses environs) sous le contrôle de la Direction régionale des affaires culturelles. Le musée présente ces collections dans une approche thématique axée sur l'archéologie, l'histoire ainsi que la technique et l'industrie. Les thèmes abordés comprennent le médiéval, l'ethnologie des métiers et outils et la période historique liée au catharisme.
