Origine et histoire du Musée Saint-Germain
Le premier fonds du musée a été rassemblé pendant la période révolutionnaire à partir de biens confisqués. Les collections se sont ensuite enrichies par des dons, des legs, des dépôts de l'État et des achats. Les collections de peintures se sont principalement constituées entre 1818, date d'entrée de La Lionne par Wenceslas Peter (1742-1829), et 1930. Deux acquisitions majeures ont marqué cet enrichissement : l'achat de la collection Bernard-Deschamp en 1835, qui comprenait 23 tableaux, et le don de la collection Louvois en 1924. Les arts graphiques — pastels, dessins à la mine de plomb et aquarelles — se sont étoffés au cours de la seconde moitié du XIXe siècle, notamment entre 1868 et 1870 avec les dons Riocreux, Cotteau, Cherest et Léon Falconnier, incluant des œuvres d'Edme-François Bouilliat, Louis-Amable Crapelet et Adrien Dauzats. Les collections archéologiques proviennent de fouilles anciennes, de découvertes fortuites et de prospections. La préhistoire et la protohistoire sont représentées par des sépultures de l'âge du Bronze et des âges du Fer découvertes à Gurgy, Guerchy et Auxerre. La période gallo-romaine est illustrée par un ensemble lapidaire d'Auxerre et du matériel issu du site d'Auxerre-Vaulabelle. D'autres communes de l'Yonne ont fourni des séries notables, comme la vaisselle de Boutissaint, la sculpture d'Entrains et les vestiges du site potier de Jaulges-Villiers-Vineux. Le Moyen Âge est présent grâce à du matériel provenant de nécropoles mérovingiennes (Vénizy, Asquin), de découvertes urbaines et de fouilles récentes à Auxerre. Enfin, les collections numismatiques rassemblent principalement des monnaies issues de la collection Challe, du legs de l'abbé Duru en 1848, du don Amé et d'un legs exceptionnel d'Ernest Gariel, industriel et numismate de la fin du XIXe siècle.