Le fonds initial du musée provient des collections réunies depuis 1878 à l'ancien musée d'Ethnographie du Trocadéro. Ces collections ont été enrichies par des enquêtes et des collectes menées dans diverses régions françaises par l'équipe de G.H. Rivière, dans le but de constituer un grand musée de synthèse doté d'une galerie d'étude pour les chercheurs et d'une galerie culturelle pour le public. Après l'ouverture du domaine de compétences à l'Europe et à la Méditerranée, la collection a été transférée de Paris à Marseille et complétée par le dépôt du fonds européen du musée de l'Homme. Le musée couvre les domaines thématiques de l'ethnologie et de l'histoire.
