Il Museo Municipale di Tonnerre venne ad essere nel 1835, quando fu creato come complemento alla biblioteca comunale e installato in un college. Nel 1860 fu trasferito al vecchio ospedale della città, prima di essere installato permanentemente nel 1895 nella sua posizione attuale, un edificio incastonato da Madame Coeurderoy. Questo edificio, un ex ospedale-hotel-god, fu costruito tra il 1292 e il 1295 grazie alla generosità di Marguerite de Bourgogne, cognata di Saint Louis, e ora ospita varie collezioni.
Il museo è organizzato su due piani e presenta oggetti legati alla vita ospedaliera dal XIII al XX secolo. I suoi pezzi notevoli includono una meridiana orizzontale disegnata sul terreno, una tomba scolpita del XV secolo, e l'unica rappresentazione affidabile conosciuta a Marguerite de Bourgogne. Le sue collezioni coprono campi così diversi come belle arti, etnologia, storia locale e scienze naturali, con temi che vanno dall'arte religiosa alla scienza medica.
L'ex ospedale, classificato come monumento storico, illustra l'evoluzione delle pratiche mediche e caritative a Tonnerre. Il museo, etichettato Musée de France, mette in luce questo patrimonio attraverso opere come ceramiche, mobili o oreficeria, mettendo in risalto il ruolo storico di Marguerite de Bourgogne nella fondazione dello stabilimento. Il suo attuale indirizzo, rue du Prieuré, corrisponde alla posizione dell'ex albergo, testimoniando la continuità tra passato e presente.
