L'église a d'abord été la chapelle castrale du château des comtes d'Auvergne dont Vic-le-Comte était la capitale. En 1505, sur l'ancienne chapelle romane consacrée au lignage des comtes d'Auvergne, Jean Stuart et son épouse Anne de la Tour, comtesse d'Auvergne et de Boulogne, décident de construire une Sainte-Chapelle sur le modèle de la chapelle haute de la Sainte-Chapelle de Paris.
La chapelle devient église paroissiale après la Révolution.
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