Origine et histoire
Le prieuré des Bénédictins de Lons-le-Saunier trouve ses origines au milieu du XIIe siècle. Fondé autour d’une église construite à la fin du XIe siècle – elle-même édifiée sur une crypte datant de la première moitié de ce même siècle –, il subit un incendie dévastateur en 1637. Entre 1711 et 1715, Dom Vincent Duchesne entreprend une reconstruction totale des bâtiments conventuels, incluant un cloître et des ailes organisées autour de celui-ci. L’église, quant à elle, conserve des traces de remplois datant peut-être du VIIIe siècle, ainsi que des modifications successives : chapelles ajoutées aux XVe et XVIIe siècles, reconstruction du chœur après 1595, et voûtement de la nef après l’incendie de 1636.
Après la Révolution française, le couvent est reconverti en hôtel de préfecture du Jura en 1790. Les bâtiments sont adaptés à leur nouvelle fonction : en 1809, l’architecte Gabiot aménage une entrée au nord-est et modifie les structures pour accueillir les services préfectoraux. En 1845, Pourchot construit un escalier extérieur et un portail nord pour l’église, tandis qu’en 1849, une deuxième cour est créée à l’est, accompagnée de nouveaux locaux administratifs. Le clocher, arasé en 1795, est reconstruit en 1880 par Achille Paillot. Au XXe siècle, des travaux de restauration (crypte en 1935) et des extensions (bâtiments administratifs) complètent l’ensemble.
Le site recèle des vestiges archéologiques notables, comme un bassin maçonné dit fontaine de Rome, découvert dans les caves des anciens bâtiments conventuels et datant peut-être du haut Moyen Âge. En 1999, une partie du couvent est classée monument historique, incluant les bâtiments autour du cloître, les façades du XIXe siècle, le portail d’honneur avec sa grille en fer forgé, ainsi que le sol et les vestiges archéologiques. L’escalier monumental en pierre, doté d’une rampe en fer forgé, mène aux appartements d’honneur, où subsistent des décors d’origine.
L’édifice illustre ainsi une double histoire : celle d’un prieuré bénédictin marqué par des reconstructions successives, et celle d’une préfecture dont l’architecture reflète les adaptations politiques et administratives des XIXe et XXe siècles. Les transformations majeures (1809, 1845, 1880) témoignent de l’évolution des besoins institutionnels, tandis que les éléments préservés (crypte, fontaine, décors) offrent un aperçu du patrimoine médiéval et classique de la région.